La MISEN de Maine-et-Loire, créée par arrêté préfectoral du 25 février 2013, regroupe l’ensemble des services de l’État et Établissements Publics concernés par les politiques de l’eau et de la nature. Cette instance a un rôle de coordination des services dans le département dans le but d’améliorer l’efficacité, la cohérence et la lisibilité de l’action publique. Le directeur de la DDT en assure le pilotage par délégation du préfet.

Chaque année, les orientations stratégiques, les priorités d’actions, le programme et le bilan des contrôles sont examinés et validés par le préfet à l’occasion d’un comité stratégique auquel participe le procureur de la République.